我国内部审计工作经历了账项导向审计模式、制度导向审计模式的发展历程。2008年，财政部等五部委颁布实施《企业内部控制基本规范》后，进一步提高了内部审计的作用和地位，特别是审计“免疫系统”理论的产生，标志着审计本职发生了质的突破，内部审计向以内部控制为主线、风险导向审计模式转变。

高校内部审计工作也必须顺应这一发展趋势，积极做好高校内部审计转型工作。首先，传统审计方法不能丢。高校内部审计由传统的财物审计向现代的风险管理审计转变，以财务审计为基础、为底线，增加内部控制的分量，不但要关注内控的健全性，还要关注其有效性。内部审计要紧紧盯着财务。因为任何风险、任何问题必然会在财务上反映出来，不能把财务审计这一基本职责丢了。其次，在日常审计工作中实现六个转变。在审计理念上，有对内部审计本职的认识是检查系统向控制机制的认识转变；在审计目标上从查错纠弊向内部控制评价和风险评估转变；在审计内容上，有财务控制向业务控制和信息系统控制转变；在审计方法上，由事后监督向事前、事中全过程监督转变；在审计手段上，由手工操作向利用计算机、网络信息技术为主转变。